前回に続いてボーズ分布を可視化します。 ※やっぱりPCサイトでしか表示されません。。 justice-vsbr.hatenablog.com なんで急にボーズ分布なんだみたいな話は今度別で書く予定…書きたい… 関数以外は前回と同じなので関数のコードだけ載せます。 def plot_BE_…
いつの間にか社会人です。 最近業務でいくつかの確率分布を触っているのですが、パラメータが変わると分布がどう変わるのか、パッと知りたかったので ガンマ分布を例に、PythonのBokehライブラリを使ってインタラクティブなグラフを作ってみました。 実際に…
気づけば卒業まであと半年もないです。 せっかく自分で開発したこのプログラム、来年以降も研究室で使ってもらえるように、ドキュメントを整備することになりました。 そこで手始めに、実行するための環境構築をしていきます。 自分で開発したPythonプログラ…
3ヶ月ほど放置してましたすみません 前回まではEMDで熱伝導率を計算することを目的としていくつか記事を書いていました 指導教官づてでLAMMPSの熱伝導率計算に詳しい方に聞いたのですが、 EMDはパラメータチューニングがかなりシビアらしいですね。 理論的背…
タイトルが安定しないです 今日もEMDを使った熱伝導率計算、Green-Kubo公式とにらめっこしました まずはGreen-Kubo公式の表式と、LAMMPSスクリプトとの対応から : 熱伝導率 : ボルツマン定数 : 温度 : 計算モデルの体積 : 時間tにおける熱流束 : HCACF(Heat …
前回 justice-vsbr.hatenablog.com justice-vsbr.hatenablog.com GaNで熱伝導率計算をしてみよう SWポテンシャルの下で構造最適化したw-GaNに対して、EMDで熱伝導率を解析してみます。 とりあえず実行 ## 変数設定 variable p equal 200 # correlation lengt…
原子間ポテンシャルに従ってMD計算をするだけでなく構造最適化もできるらしい 原子位置はMD計算中に緩和されるとしても、格子定数の最適化は別で行うしかなさそう？ キーとなるコマンド minimize: 構造最適化を実行 fix box/relax: 外圧を加え、計算モデルの…
今までの進捗まとめ HDNNP Constructing high‐dimensional neural network potentials: A tutorial review この論文を元にPythonで独自開発してます Githubで公開してます github.com 超ガバガバなのでREADMEもドキュメントもまだ書いてないしライセンスも設…
LAMMPS LAMMPS Molecular Dynamics Simulator C++で書かれた高速で動作する分子動力学法(molecular dynamics: MD)計算パッケージ 詳しい説明は省きます(自分も理解してない部分が多い) 熱伝導率解析 MDで熱伝導率を解析する手法は主に２つに分類されます 非…
